#!/usr/bin/perl
use strict;

##################################################################################################
#  script pour passer du format de maillage genere par gmsh au format lu par herezh++            #
#  version 1: version initiale                                                                   #
#  version 1.1: 30 avr 2008 prise en compte du fait qu'il peut ne pas y avoir de reference       #
#               de type chaine de caractÃ¨res                                                    #
#  version 1.2: 9 mai 2008 Dans le cas oÃ¹ on ne conserve pas les Ã©lÃ©ments noeuds, on conserve #
#               quand m^eme les rÃ©fÃ©rences associÃ©es. Au niveau des tag on diffÃ©rencie entre #
#               1) les physical name (c'est-Ã -dire les ref que l'on met                         #
#               2) le numÃ©ro de l'entitÃ© gÃ©omÃ©trique Ã©lÃ©mentaires                          #
#               3) le numÃ©ro de la partition de maillage                                        #
#  version 1.3: 13 mai 2008                                                                      #
#               1) introduction de rÃ©fÃ©rences d'aretes et de surfaces pour les                 #
#               Ã©lÃ©ments lignes et surfaces (uniquement)                                       #
#               2) construction de rÃ©fÃ©rences de noeuds correspondants aux refs d'Ã©lÃ©ments   #
#                  que ces Ã©lÃ©ments soient concervÃ©s ou non                                   #
#  version 1.4: 23 mai 2008                                                                      #
#               correction d'un bug sur l'affichage du nombre total d'element                    #
#  version 1.5: 6 fevrier 2009                                                                   #
#               correction de la numÃ©rotation pour les Ã©lÃ©ments quadratiques                  #
#               suppression blancs et tab en debut de ligne, en lecture du .msh                  #
#  version 1.6: 13 avril 2010 - S. Bochard                                                       #
#               maillage msh au format 2.1 depuis gmsh-2.4                                       #
#               correction lecture references pour sorties gÃ©nÃ©rÃ©es par gmsh-2.4              #
#  version 1.7: 5 fevrier 2011                                                                   #
#               re-correction de la numÃ©rotation pour les Ã©lÃ©ments quadratiques               #
#               hexaedre incomplet, introduction du nombre de pti                                #
#  version 1.8: 19 octobre 2011 - S. Bochard                                                     #
#               maillage msh au format 2.2 depuis gmsh-2.5                                       #
#               correction format maillage 2.1 et supÃ©rieur pour gmsh 2.4 et 2.5                #
#  version 1.9: 1 fevrier 2012 - G. Rio                                                          #
#               correction bug sur la sortie des tetraedres quadratiques                         #
#  version 2.0: 10 decembre 2012 - G. Rio                                                        #
#               correction bug sur la sortie des tetraedres quadratiques                         #
#  version 2.1: 15 decembre 2012 - G. Rio                                                        #
#               correction bug sur la sortie des tetraedres quadratiques                         #
#  version 2.2: 2 decembre 2015 - G. Rio                                                         #
#               ajout du nom du type d'Ã©lÃ©ment, quand question nombre de pti                   #
#  version 2.3: 19 fevrier 2017  - G. Rio                                                        #
#               sortie sytÃ©matique du nom du fichier traitÃ©                                    #
#  version 2.4: 26 novembre 2018  - G. Rio                                                       #
#               modification de POUT QUADRATIQUE  en pout BIE2                                   #
#  version 2.5: 11 septembre 2025  - J. Troufflard                                               #
#                 - divers correctifs mineurs pour supprimer tous les warnings obtenus quand on  #
#                   verifie le script en faisant : perl -cw msh2her.pl                           #
#                 - ajout de l element QUADRANGLE CUBIQUE                                        #
#                 - suppression des noeuds non references (noeuds appartenant a aucun element)   #
#                 - ajout option -axi (transformer les elements 1D/2D en elements axisymetriques)#
#                 - ajout option -nom_ref_strict (nommer les listes de reference en respectant   #
#                                                strictement les noms indiques dans le fichier   #
#                                                .geo dans les "Physical Line/Surface/Volume")   #
#                 - ajout option -only_ref (permet de specifier les listes de reference que l on #
#                                           souhaite garder dans le fichier .her)                #
#                 - modif de l aide -h                                                           #
##################################################################################################

my $nom;
my $version = "2.5";

my $EN_TETE_MSH2ER = "
#############################################################################
#                                                                           #
#                               msh2her.pl                                  #
#    transformation d\'un maillage genere par le programme gmsh              #
#    en un maillage utilisable par Herezh++                                 #
#############################################################################
#  licence GPL,                        gerard.rio\@univ-ubs.fr               #
#                                    http://www-lg2m.univ-ubs.fr/\~rio       #
#  version $version                                                              #
#############################################################################
";


if ($ARGV[0] eq '-h')
 # si premier argument est -h : on donne le mode d'emploi
 {
  print  ("\n");
  print $EN_TETE_MSH2ER;
  print  ("\n");
  print ("\n usage: msh2her.pl  ");
  print ("\n   ----> entree interactive des noms de fichier \n");
  print ("\n usage: msh2her.pl <nom fichier.msh> <nom fichier.her> \n");
  print ("\n   ----> indication de la source et de la cible ");
  print ("\n         NB: les noms de fichier peuvent avoir ou non leur extension \n");
  print ("\n usage: msh2her.pl -v ");
  print ("\n   ----> affiche la version du programme  \n");
  print ("\n usage: msh2her.pl -h ");
  print ("\n   ----> information sur l'utilisation  \n");
  print ("\n");
  print ("\n options :\n");
  print ("\n   -axi : convertir les element 1D et 2D en elements axi\n");
  print ("\n");
  print ("\n   -nom_ref_strict : nommer les listes de reference en respectant strictement\n");
  print ("                     les noms indiques dans le fichier .geo dans les \n");
  print ("                     \"Physical Line/Surface/Volume\"\n");
  print ("                     (suppression des suffixes _LIGNE, _SURFACE, _VOLUME)\n");
  print ("\n");
  print ("\n   -only_ref nom_1 [... nom_N] end : ne garder que les listes de references\n");
  print ("                                     dont le nom figure dans cette option\n");
  print ("                                     (NB : terminer la liste par le mot \"end\")\n");
  print ("\n\n");
  exit(0);
 }
elsif ($ARGV[0] eq '-v')
 # si premier argument est -v : on donne le numero de version
 { print  ("\n  msh2her.pl: version "."$version"."\n\n");
   exit(0);
 };

#------------------- Ã©criture de l'entete Ã  l'Ã©cran  -----------------
print  ("\n");
print $EN_TETE_MSH2ER;
print  ("\n");


#------------------- fin Ã©criture de l'entete Ã  l'Ã©cran  -----------------




#------------------- verif presence d options dans les arguments --------------------
#MODIF J. Troufflard : premier balayage des arguments pour recuperer d eventuelles options

my $is_opt_axi = 0;#indicateur de l option -axi (transformer les elements POUT, TRIANGLE, QUADRANGLE en SEG_AXI, TRIA_AXI, QUAD_AXI)
my $is_opt_nom_ref_strict = 0;#indicateur de l option -nom_ref_strict (nommer les listes de reference en respectant strictement les noms utilises dans les "Physical" du fichier Gmsh .geo)
my $is_opt_only_ref = 0;#indicateur de l option -only_ref (ne conserver que les listes de references indiquees en arguments)
my @liste_only_ref = ();#liste des listes de reference a garder (option -only_ref ref_1 ref_2 ... ref_N end)
                        #  NB : si cette liste est vide mais que l option a ete utilise (i.e -only_ref end), aucune ref ne sera conservee
my @args;
while($#ARGV > -1) {
  my $opt = shift(@ARGV);

  #option -axi
  if($opt eq '-axi') {
    $is_opt_axi = 1;
  }
  #option -nom_ref_strict
  elsif($opt eq '-nom_ref_strict') {
    $is_opt_nom_ref_strict = 1;
  }
  #option -only_ref
  elsif($opt eq '-only_ref') {
    $is_opt_only_ref = 1;
    my $is_end = 0;
    while($#ARGV > -1) {
      $opt = shift(@ARGV);

      if($opt eq 'end') {
        $is_end = 1;
        last;
      }

      push(@liste_only_ref, $opt);
    }
    $is_end or die "\nErreur (opt:-only_ref) : le mot-cle \"end\" n a pas ete trouve...\n\n";
    
  }

  #autre arguments
  else {
    push(@args, $opt);
  }
}

#on remet les arguments dans @ARGV pour le fonctionnement normal de msh2her.pl
@ARGV = @args;

#si option -only_ref : on indique sa presence avec rappel des listes de reference choisies
if($is_opt_only_ref) {
  print "\n";
  print "**option -only_ref :\n";
  print "    seules les listes de reference ci-dessous figureront dans le fichier .her :\n";
  print "    (si elles existent)\n";
  if($#liste_only_ref != -1) {
    print "      > $_\n" for @liste_only_ref;
  }
  else {
    print "  > aucune\n";
  }
  print "\n";
}
#------------------- fin verif presence d options dans les arguments --------------------



#------------------- on s'occupe tout d'abord des fichiers --------------------

# tout d'abord on rÃ©cupÃ¨re le nom du fichier Ã  traiter
my $nombase;
if ($ARGV[0])
 # si on a un argument, c'est le nom du fichier
 { $nombase = $ARGV[0];}
else
 # sinon on demande interactivement le nom du fichier
 { print ("\n nom du fichier ? ");
   $nombase = <STDIN>; chomp($nombase); # on supprime le retour Ã  la ligne
 };

# on supprime l'extension .msh si elle existe
$nombase =~ s/\.msh//;

# on ouvre le fichier msh en lecture tout d'abord, il doit donc exister
my $fichier_msh = $nombase . '.msh';
open (fic_msh,$fichier_msh) || die (" \n erreur en ouverture du fichier " . $fichier_msh . " \n");
print (" --> traitement du fichier $fichier_msh ---\n ");

# on ouvre le fichier .her en Ã©criture, on Ã©crase donc le fichier existant
my $fichier_her;
if ($ARGV[1])
 # si on a un argument 2, c'est le nom du fichier de sortie
 { $fichier_her = $ARGV[1];}
else
  # sinon on construit le nom du fichier
 {$fichier_her = $nombase . '.her';
  # on regarde s'il existe dÃ©jÃ
  foreach (<*.her>)
   { if ($_ eq $fichier_her)
    { print ("\n le fichier " . $fichier_her . " existe deja ! ");
      print ("\n voulez-vous l\' ecraser ? (0 ou N ) ");
      my $rep = <STDIN>; chomp($rep); $rep=lc($rep); # lc passage en minuscule
      if ($rep eq 'n')
      {print ("\n nom du fichier de sortie ? ");
      $fichier_her = <STDIN>; chomp($fichier_her);
      };
    };
  }; # fin du foreach
 };
# on supprime l'extension .her si elle existe
$fichier_her =~ s/\.her//;
# et on la rajoute
$fichier_her .= '.her';

# maintenant on tente l'ouverture de fichier
open (fic_her,">$fichier_her") || die (" \n erreur en ouverture du fichier " . $fichier_her . " \n");

#------------------------ fin des ouvertures de fichiers ---------------------


#------------------ lecture des tag qui vont servir pour fabriquer les rÃ©fÃ©rences -------------
print ("\n lecture des tags (preparation a la creation des references) ");
# on lit dans les lignes jusqu'au mot clÃ© $PhysicalNames
my $ligne;my @champ; my $existe_physicalNames = 0;
my $position_sur_node = 0; # pour signaler que l'on est Ã  la position des noeuds
#
# debut des modifications - StÃ©phane
#
my $mesh_format;                                                                         # ajout StÃ©phane
while (<fic_msh>)
{ $ligne = $_; chomp($ligne); # sauvegarde de la ligne
  $ligne =~ s/^[ \t]+//mg;  # suppression des blancs et tabulation en dÃ©but de ligne
  @champ = split (/\s+/,$ligne); # le /s+/ permet de sÃ©parer sur des espaces
  # on lit dans le fichier jusqu'au mot clÃ© $PhysicalNames
  if ( $champ[0] eq '$MeshFormat' ) # ajout StÃ©phane
     {$ligne = <fic_msh>; chomp($ligne); # sauvegarde de la ligne suivante               # ajout StÃ©phane
      $ligne =~ s/^[ \t]+//mg;  # suppression des blancs et tabulation en dÃ©but de ligne # ajout StÃ©phane
      @champ = split (/\s+/,$ligne); # le /s+/ permet de sÃ©parer sur des espaces         # ajout StÃ©phane
      $mesh_format = $champ[0]; # on recupere le format du maillage                      # ajout StÃ©phane
      print ("\n     format de sauvegarde du maillage : msh " . $mesh_format . "\n" );   # ajout StÃ©phane
      }                                                                                  # ajout StÃ©phane
  if ( $champ[0] eq '$PhysicalNames' )
     {$existe_physicalNames = 1;# on a trouvÃ© le premier enreg,
      last;
      }
  elsif ( $champ[0] eq '$Nodes' )
     {$existe_physicalNames = 0;# on a pas trouvÃ© de $PhysicalNames
      print "\n **** NB: pas de chaine de caractere pour references a lire *****\n";
      $position_sur_node = 1; # drapeau qui signale que l'on est au dÃ©but des noeuds
      last;
      };
};


# --- on lit les tag si il en existe
my %les_references = () ; # dÃ©claration de la table des reference
if ($existe_physicalNames)
{ $ligne = <fic_msh>; chomp($ligne);
  $ligne =~ s/^[ \t]+//mg;  # suppression des blancs et tabulation en dÃ©but de ligne
  @champ = split (/\s+/,$ligne); # le /s+/ permet de sÃ©parer sur des espaces
  print ("     nombre total de references lus : " . $champ[0] );
  my $nb_reference = $champ[0] ;

  # --- on lit chaque ligne de reference que l'on recopie dans un tableau jusqu'au mot clÃ© $EndPhysicalNames
  while (<fic_msh>)
  { $ligne = $_; chomp($ligne); # sauvegarde de la ligne
    $ligne =~ s/^[ \t]+//mg;  # suppression des blancs et tabulation en dÃ©but de ligne
    @champ = split (/\s+/,$ligne); # le /s+/ permet de sÃ©parer sur des espaces
    # on lit dans le fichier jusqu'au mot clÃ© $EndPhysicalNames
    if ( $champ[0] eq '$EndPhysicalNames' )
       {last;}; # on a trouvÃ© le mot cle de fin de reference,
    # ce n'est pas le mot clÃ©, donc on enregistre la reference
    if ($mesh_format eq "2")                                            # ajout StÃ©phane
      {$champ[1] =~ s/\"+//g; # on retire les guillemets Ã©ventuelles    # ajout StÃ©phane
      $les_references{"$champ[0]"}= "$champ[1]";                        # ajout StÃ©phane
      }                                                                 # ajout StÃ©phane
    elsif ($mesh_format ge "2.1")                                       # ajout StÃ©phane # modif version 1.8
       {$champ[2] =~ s/\"+//g; # on retire les guillemets Ã©ventuelles   # ajout StÃ©phane
       $les_references{"$champ[1]"}= "$champ[2]";                       # ajout StÃ©phane
      };                                                                # ajout StÃ©phane
#
# fin des modifications - StÃ©phane
#
  };
  print "\n les references ";
  while ( (my $cle, my $valeur) = each %les_references)
    { print "\n ".$cle . ' => ' .$valeur;};
 };

#------------------ fin de la lecture des tag qui vont servir pour fabriquer les rÃ©fÃ©rences -------------



# ++++++++++++++++++++++ lecture des coordonnÃ©es des noeuds ++++++++++++++++++++++++++
print ("\n lecture des coordonnees des noeuds ");
# on lit dans les lignes jusqu'au mot clÃ© $Nodes
#MODIF J. Troufflard : ligne suivente en commentaire pour eviter warning ($ligne et @champ deja declares precedemment)
###############my $ligne;my @champ;
if ($position_sur_node != 1)
{ while (<fic_msh>)
  { $ligne = $_; chomp($ligne); # sauvegarde de la ligne
    $ligne =~ s/^[ \t]+//mg;  # suppression des blancs et tabulation en dÃ©but de ligne
    @champ = split (/\s+/,$ligne); # le /s+/ permet de sÃ©parer sur des espaces
    # on lit dans le fichier jusqu'au mot clÃ© $Nodes
    if ( $champ[0] eq '$Nodes' )
     {$position_sur_node = 1;
       last;}; # on a trouvÃ© le premier enreg,
  };
  if ($position_sur_node != 1)
  { die ( "\n on n'a pas trouve le mot cle \$Nodes ?? , on ne peut pas continuer \n");
   };
};

# --- on lit le nombre de noeud
$ligne = <fic_msh>; chomp($ligne);
$ligne =~ s/^[ \t]+//mg;  # suppression des blancs et tabulation en dÃ©but de ligne
@champ = split (/\s+/,$ligne); # le /s+/ permet de sÃ©parer sur des espaces
print ("     nombre total de noeuds lus : " . $champ[0] );
my $nb_noeud = $champ[0] ;

# --- on lit chaque ligne de coordonnÃ©e que l'on recopie dans un tableau jusqu'au mot clÃ© $EndNodes
my @les_noeuds = () ; # dÃ©claration du tableau des coordonnÃ©es des  noeuds
while (<fic_msh>)
{ $ligne = $_; chomp($ligne); # sauvegarde de la ligne
  $ligne =~ s/^[ \t]+//mg;  # suppression des blancs et tabulation en dÃ©but de ligne
  @champ = split (/\s+/,$ligne); # le /s+/ permet de sÃ©parer sur des espaces
  # on lit dans le fichier jusqu'au mot clÃ© $EndNodes
  if ( $champ[0] eq '$EndNodes' )
     {last;}; # on a trouvÃ© le premier enreg,
  # ce n'est pas le mot clÃ©, donc on enregistre la ligne
  push @les_noeuds, $ligne; # sauvegarde des coordonnÃ©es et du numÃ©ro initial du noeud
};


# ++++++++++++++++++++++ fin de lecture  des coordonnees noeuds ++++++++++++++++++++++++++++++++++++

#-------- def de tableaux de conversion entre les numÃ©rotations gmsh et celles d'herezh++ ----------

# dÃ©finition des types d'Ã©lÃ©ments

my @type_element = ( 'rien pour le  numero 0' ,   # '0'
  'segment lineaire a 2 noeuds' ,                 # '1'
  'triangle lineaire a 3 noeuds' ,                # '2'
  'quadrangle bilineaire a 4 noeuds' ,            # '3'
  'tetrahedre lineaire a 4 noeuds' ,              # '4'
  'hexahedre trilineaire a 8 noeuds' ,            # '5'
  'pentaedre bilineaire a 6 noeuds' ,             # '6'
  'pyramide a 5 noeuds' ,                         # '7'
  'segment quadratique a 3 noeuds' ,              # '8'
  'triangle quadratique a 6 noeuds' ,             # '9'
  'quadrangle quadratique complet a 9 noeuds' ,   #'10'
  'tetraedre quadratique complet a 10 noeuds' ,   #'11' #MODIF J. Troufflard : ajout de "complet"
  'hexaedre quadratique complet a 27 noeuds' ,    #'12'
  'pentaedre quadratique complet a 18 noeuds' ,   #'13'
  'pyramide quadratique a 14 noeuds' ,            #'14'
  '  point a 1 noeud ' ,                          #'15'
  'quadrangle quadratique incomplet a 8 noeuds' , #'16'
  'hexaedre quadratique incomplet a 20 noeuds' ,  #'17'
  'pentaedre quadratique incomplet a 15 noeuds' , #'18'
  'pyramide quadratique incomplete a 13 noeuds' , #'19'
  '',                                             #'20' #MODIF J. Troufflard : elements vides pour l instant
  '',                                             #'21' # .
  '',                                             #'22' # .
  '',                                             #'23' # .
  '',                                             #'24'
  '',                                             #'25'
  '',                                             #'26'
  '',                                             #'27'
  '',                                             #'28'
  '',                                             #'29'
  '',                                             #'30'
  '',                                             #'31'
  '',                                             #'32'
  '',                                             #'33'
  '',                                             #'34'
  '',                                             #'35'
  'quadrangle cubique complet a 16 noeuds'        #'36' #MODIF J. Troufflard : ajout de QUADRANGLE CUBIQUE
);

my @type_herezh_element = ( 'rien pour le  numero 0', #  '0'
  ' POUT BIE1 ' ,              # '1'
  ' TRIANGLE LINEAIRE ' ,      # '2'
  ' QUADRANGLE LINEAIRE ' ,    # '3'
  ' TETRAEDRE LINEAIRE ' ,     # '4'
  ' HEXAEDRE LINEAIRE ' ,      # '5'
  ' PENTAEDRE LINEAIRE ' ,     # '6'
  ' PYRAMIDE LINEAIRE ' ,      # '7'
  ' POUT BIE2 ' ,              # '8'
  ' TRIANGLE QUADRACOMPL ' ,   # '9'
  ' QUADRANGLE QUADRACOMPL ' , #'10'
  ' TETRAEDRE QUADRACOMPL '  , #'11'
  ' HEXAEDRE QUADRACOMPL '  ,  #'12'
  ' PENTAEDRE QUADRACOMPL ' ,  #'13'
  ' PYRAMIDE QUADRACOMPL ' ,   #'14'
  ' POINT LINEAIRE ' ,         #'15'
  ' QUADRANGLE QUADRATIQUE ' , #'16'
  ' HEXAEDRE QUADRATIQUE ' ,   #'17'
  ' PENTAEDRE QUADRATIQUE ' ,  #'18'
  ' PYRAMIDE QUADRATIQUE ' ,   #'19'
  '',                          #'20' #MODIF J. Troufflard : elements vides pour l instant
  '',                          #'21' # .
  '',                          #'22' # .
  '',                          #'23' # .
  '',                          #'24'
  '',                          #'25'
  '',                          #'26'
  '',                          #'27'
  '',                          #'28'
  '',                          #'29'
  '',                          #'30'
  '',                          #'31'
  '',                          #'32'
  '',                          #'33'
  '',                          #'34'
  '',                          #'35'
  ' QUADRANGLE CUBIQUE '       #'36' #MODIF J. Troufflard : ajout de QUADRANGLE CUBIQUE
);

# les types et nombre de points d'intÃ©gration pour chaque Ã©lÃ©ments:
# le premier chiffre indique le nombre de pti par dÃ©faut, si 0 : il n'y a pas plusieurs choix: un seul cas par dÃ©faut
# puis les diffÃ©rents cas
my @type_herezh_integration = ( [0], #'rien pour le  numero 0', #  '0'
  [0],         # '1' POUT BIE1
  [0],         # '2' TRIANGLE LINEAIRE
  [0],         # '3' QUADRANGLE LINEAIRE
  [0],         # '4' TETRAEDRE LINEAIRE
  [8,1,27,64], # '5' HEXAEDRE LINEAIRE
  [2,1,6],     # '6' PENTAEDRE LINEAIRE
  [0],         # '7' PYRAMIDE LINEAIRE
  [0],         # '8' POUT BIE2 -> QUADRATIQUE
  [0],         # '9' TRIANGLE QUADRACOMPL
  [0],         #'10' QUADRANGLE QUADRACOMPL
  [0],         #'11' TETRAEDRE QUADRACOMPL
  [8,1,27,64], #'12' HEXAEDRE QUADRACOMPL
  [6,9,12,18], #'13' PENTAEDRE QUADRACOMPL
  [0],         #'14' PYRAMIDE QUADRACOMPL
  [0],         #'15' POINT LINEAIRE
  [0],         #'16' QUADRANGLE QUADRATIQUE
  [8,1,27,64], #'17' HEXAEDRE QUADRATIQUE
  [6,9,12,18], #'18' PENTAEDRE QUADRATIQUE
  [0],         #'19' PYRAMIDE QUADRATIQUE
  [], 			#'20' 								# MODIF J. Troufflard : elements vides pour l instant
  [], 			#'21' 								# .
  [], 			#'22' 								# .
  [], 			#'23' 								# .
  [], 			#'24'
  [], 			#'25'
  [], 			#'26'
  [], 			#'27'
  [], 			#'28'
  [], 			#'29'
  [], 			#'30'
  [], 			#'31'
  [], 			#'32'
  [], 			#'33'
  [], 			#'34'
  [], 			#'35'
  [0]          #'36' QUADRANGLE CUBIQUE      #MODIF J. Troufflard : ajout de QUADRANGLE CUBIQUE
);

my @nbn_par_elem;
  $nbn_par_elem[0]=0; $nbn_par_elem[1]=2; $nbn_par_elem[2]=3; $nbn_par_elem[3]=4;
  $nbn_par_elem[4]=4; $nbn_par_elem[5]=8; $nbn_par_elem[6]=6; $nbn_par_elem[7]=5;
  $nbn_par_elem[8]=3; $nbn_par_elem[9]=6; $nbn_par_elem[10]=9; $nbn_par_elem[11]=10;
  $nbn_par_elem[12]=27; $nbn_par_elem[13]=18; $nbn_par_elem[14]=14; $nbn_par_elem[15]=1;
  $nbn_par_elem[16]=8; $nbn_par_elem[17]=20; $nbn_par_elem[18]=15; $nbn_par_elem[19]=13;

  $nbn_par_elem[36]=16;#MODIF J. Troufflard : ajout de QUADRANGLE CUBIQUE (16 noeuds)

# $connex[i][j] donne pour l'element i, le num de gmsh  pour le numÃ©ro j  d'herezh

my @connex = ( [], # le premier avec rien, pour que la numÃ©rotation commence Ã  1
  [1,2], # 1: POUT BIE1
  [1,2,3], # 2: TRIANGLE LINEAIRE
  [1,2,3,4], # 3: QUADRANGLE LINEAIRE
  [1,2,3,4], # 4: TETRAEDRE LINEAIRE
  [1,2,3,4,5,6,7,8], # 5: HEXAEDRE LINEAIRE
  [1,2,3,4,5,6], # 6: PENTAEDRE LINEAIRE
  [1,2,3,4,5], # 7: PYRAMIDE LINEAIRE
  [1,3,2], # 8: POUT BIE2 # pour QUADRATIQUE
  [1,2,3,4,5,6], # 9: TRIANGLE QUADRACOMPL
  [1,2,3,4,5,6,7,8,9], # 10: QUADRANGLE QUADRACOMPL
  [1,2,3,4,5,6,7,8,10,9], # 11: TETRAEDRE QUADRACOMPL
  [1,2,3,4,5,6,7,8,9,12,14,10,11,13,15,16,17,19,20,18,21,22,24,25,23,26,27], # 12: HEXAEDRE QUADRACOMPL
#     [1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27]   uniquement pour voir les numÃ©ros
  [1,2,3,4,5,6,7,10,8,9, 11,12,13,15,14,16,18,17], # 13: PENTAEDRE QUADRACOMPL
  [1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14], # 14: PYRAMIDE QUADRACOMPL
  [1], #  15: POINT LINEAIRE
  [1,2,3,4,5,6,7,8], # 16: QUADRANGLE QUADRATIQUE
  [1,2,3,4,5,6,7,8,9,12,14,10,11,13,15,16,17,19,20,18], # 17: HEXAEDRE QUADRATIQUE
#   [1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20], # 17: HEXAEDRE QUADRATIQUE
  [1,2,3,4,5,6,7,10,8,9, 11,12,13,15,14], # 18: PENTAEDRE QUADRATIQUE
  [1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13], # 19: PYRAMIDE QUADRATIQUE
  [], #20
  [], #21
  [], #22
  [], #23
  [], #24
  [], #25
  [], #26
  [], #27
  [], #28
  [], #29
  [], #30
  [], #31
  [], #32
  [], #33
  [], #34
  [], #35
  [1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16], # 36: #MODIF J. Troufflard : ajout de QUADRANGLE CUBIQUE
);

my @type_geom =
 ( 'RIEN_TYPE_GEOM',  # '0'
   'LIGNE' ,          # '1'
   'SURFACE' ,        # '2'
   'SURFACE' ,        # '3'
   'VOLUME' ,         # '4'
   'VOLUME' ,         # '5'
   'VOLUME' ,         # '6'
   'VOLUME' ,         # '7'
   'LIGNE' ,          # '8'
   'SURFACE' ,        # '9'
   'SURFACE' ,        #'10'
   'VOLUME' ,         #'11'
   'VOLUME' ,         #'12'
   'VOLUME' ,         #'13'
   'VOLUME' ,         #'14'
   'POINT_G' ,        #'15'
   'SURFACE' ,        #'16'
   'VOLUME' ,         #'17'
   'VOLUME' ,         #'18'
   'VOLUME' ,         #'19'
   '', #'20'
   '', #'21'
   '', #'22'
   '', #'23'
   '', #'24'
   '', #'25'
   '', #'26'
   '', #'27'
   '', #'28'
   '', #'29'
   '', #'30'
   '', #'31'
   '', #'32'
   '', #'33'
   '', #'34'
   '', #'35'
   'SURFACE', #36  #MODIF J. Troufflard : ajout de QUADRANGLE CUBIQUE
);

#-------- fin def de tableaux de conversion entre les numÃ©rotations gmsh et celles d'herezh++ ----------


# ++++++++++++++++++++++ lecture  des Ã©lÃ©ments +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
print ("\n lecture des elements ");

while (<fic_msh>)
{ $ligne = $_; chomp($ligne); # sauvegarde de la ligne
  $ligne =~ s/^[ \t]+//mg;  # suppression des blancs et tabulation en dÃ©but de ligne
  @champ = split (/\s+/,$ligne); # le /s+/ permet de sÃ©parer sur des espaces
  # on lit dans le fichier jusqu'au mot clÃ© $Elements
  if ( $champ[0] eq '$Elements' )
     {last;}; # on a trouvÃ© le premier enreg,
};

# ----- on lit le nombre d'Ã©lÃ©ments
$ligne = <fic_msh>; chomp($ligne);
$ligne =~ s/^[ \t]+//mg;  # suppression des blancs et tabulation en dÃ©but de ligne
@champ = split (/\s+/,$ligne); # le /s+/ permet de sÃ©parer sur des espaces
print ("   nombre total d'elements lus : " . $champ[0] );
my $nb_element = $champ[0] ;


# --- on lit chaque ligne que l'on recopie dans des tableaux jusqu'au mot clÃ© $EndElements

my @liste_element = (); # ce sera un tableau multidimentionel
# chaque Ã©lÃ©ment de @liste_element est une liste d'Ã©lÃ©ments d'un m^eme type
#   $liste_element[i] = la liste des Ã©lÃ©ments de type i
#  $liste_element[i][j] un Ã©lÃ©ment = une liste d'entiers donc un tableau
#  $liste_element [i][j][k] = un scalaire (entier) ouf !!

my @number_type = (); # les nombres d'Ã©lÃ©ment de chaque type

while (<fic_msh>)
{ $ligne = $_; chomp($ligne); # sauvegarde de la ligne
  $ligne =~ s/^[ \t]+//mg;  # suppression des blancs et tabulation en dÃ©but de ligne
  @champ = split (/\s+/,$ligne); # le /s+/ permet de sÃ©parer sur des espaces
  # on lit dans le fichier jusqu'au mot clÃ© $EndElements
  if ( $champ[0] eq '$EndElements' )
     {last;}; # on a trouvÃ© le premier enreg,
  # traitement et enregistrement
  push @{$liste_element[$champ[1]]}, [@champ ];  # tableau multidimentionnel, syntaxe particuliÃ¨re
#if ( $champ[1] == 15)
#   {print "\n trouve " . @champ; print " ligne = " . $ligne;
#    print ",,, " .$champ[0]." ".$champ[1]." ".$champ[2]." ".$champ[3]." ".$champ[4]." ".$champ[5]." ";};
  $number_type[$champ[1]]++;
};


# test dÃ©bug
#print "\n essai= " . $liste_element[15][1][3] ;
#print "\n une tranche

# on recherche le nombre d'Ã©lÃ©ment diffÃ©rent
my $nb_type_elem = 0;
my $taille_list_elem = $#liste_element;
#print "\n number_type = " . @number_type;
for (my $j=1;$j<=$taille_list_elem;$j++)
{
  #MODIF J. Troufflard : ajout conditionnelle "defined" pour eviter warning en cas de $number_type[$j]
  #                      non renseigne pour certaines valeurs de $j (Use of uninitialized value etc...)
  if (defined $number_type[$j] and $number_type[$j]  != 0)
    { print "\n nombre d'elements du type ".$type_element[$j] ." = " . $number_type[$j] ;
      $nb_type_elem++;
      };
};

print "\n nombre initial d'elements differents " . $nb_type_elem ;

# maintenant on demande si l'on veut tous les Ã©lÃ©ments ou certain uniquement

my @number_type_initial = @number_type; # sauvegarde pour le traitement des rÃ©fÃ©rences
print "\n\n === choix d'elements: voulez-vous ? ";
for (my $j=1;$j<=$taille_list_elem;$j++)
{
  #MODIF J. Troufflard : ajout conditionnelle "defined" pour eviter warning en cas de $number_type[$j]
  #                      non renseigne pour certaines valeurs de $j (Use of uninitialized value etc...)
  if (defined $number_type[$j] and $number_type[$j]  != 0)
    { print "\n conserver les elements du type ".$type_element[$j] ." (rep o ou n) " ;
      my $rep = <STDIN>; chomp($rep); $rep=lc($rep); # lc passage en minuscule
      if ($rep eq 'o')
        {print (' ===> ok, on conserve les elements  '.$type_element[$j] . "\n");}
      else
        {print (' *** on supprime les elements '.$type_element[$j] .'*** '. "\n");
      $number_type[$j] = 0;
      }
      };
};

# on demande Ã©ventuellement le nombre de point d'intÃ©gration
my @type_out_integration; # le tableau contenant les types d'integration
for (my $j=1;$j<=$taille_list_elem;$j++)
{ if ($number_type[$j]  != 0) # on ne traite que les Ã©lÃ©ments que l'on a gardÃ©
   {if ($type_herezh_integration[$j]  == 0)
     {$type_out_integration[$j] = ' '; }#push @type_out_integration, ' ';} # rien pour la sortie
    else
     { # cas oÃ¹ plusieurs type de point d'intÃ©gration sont possible
    print ($type_element[$j].": nombre de points d'integration par defaut ".$type_herezh_integration[$j][0]." ? (rep o/n) ");
    my $rep = <STDIN>; chomp($rep); $rep=lc($rep); # lc passage en minuscule
    if ($rep eq 'o')
     {$type_out_integration[$j] = ' '; }
    else
     # cas oÃ¹ plusieurs choix existent
        { print (" valeur preconisee parmi: ");
          foreach my $nbpti ( @{$type_herezh_integration[$j]})
           { print  ( $nbpti  . " ");};
    print (" : ? ");
       my $rep = <STDIN>; chomp($rep);
 if ($rep != $type_herezh_integration[$j][0])
         {$type_out_integration[$j] = ' _cm'.$rep.'pti ';}
 else {$type_out_integration[$j] = ' '; };
   };
    print ("\n");
  }
   };
};



# ++++++++++++++++++++++ fin lecture des Ã©lÃ©ments ++++++++++++++++++++++++++

# ++++++++++++++++++++++ crÃ©ation des rÃ©fÃ©rences ++++++++++++++++++++++++++++++

# les rÃ©fÃ©rences de noeuds se trouvent par l'intermÃ©diaire des Ã©lÃ©ments "points"
# on passe donc en revue ces Ã©lÃ©ments
my %ref_noeud;   # def de conteneur des rÃ©fÃ©rences de noeuds
my %ref_element; # def du conteneur des rÃ©fÃ©rences d'Ã©lÃ©ments
my %ref_arete;  # def du conteneur des rÃ©fÃ©rences d'arretes
my %ref_surface; # def du conteneur des rÃ©fÃ©rences de surfaces
#print "\n taille de la liste d'elem = " . $taille_list_elem;
my $numero = 1;
for (my $j=1;$j<=$taille_list_elem;$j++)
 { #print "\n taille des elem = " . $number_type[$j] ;
   # !!! la sÃ©lection est maintenant faite Ã  l'intÃ©rieur de la boucle
   # c'est moins performant mais cela permet d'avoir des ref de points de ligne, surface, volume
   # m^eme si ces derniers ne sont pas sÃ©lectionnÃ© comme Ã©lÃ©ments Ã  retenir !!
   #  if (($number_type[$j]  != 0) || ($liste_element[$j][0][1] == 15))
   { my $nb_el = $number_type_initial[$j];
     #print "\n nb_el= ".$nb_el;
     for (my $el = 0;$el < $nb_el;$el++)
       {
         # ------- cas des rÃ©fÃ©rences de noeuds -----

         if ($liste_element[$j][$el][1] == 15) # 15 c'est le type point
          { # on balaie les tag pour ajouter
            my $nbtag = $liste_element[$j][$el][2]; # rÃ©cup du nombre de tag
            # on diffÃ©rencie les deux derniers tags qui sont  :
            #    1) le numÃ©ro de l'entitÃ© gÃ©omÃ©trique Ã©lÃ©mentaires
            #    2) le numÃ©ro de la partition de maillage
            #  en fait pour les points il semble qu'il n'y ait que un tag sup, donc on va jusqu'Ã  $nbtag-1
            #  --- tout d'abord les tag des noms physiques (ceux qui ne sont pas gÃ©nÃ©rÃ© automatiquement)
            for (my $ic = 0; $ic < $nbtag-1; $ic++)
             { my $indic_ref = $liste_element[$j][$el][3+$ic]; # l'indicateur de la rÃ©fÃ©rence
               #print "\n indicateur de la reference : ".$indic_ref;
               my $nbnoe = $liste_element[$j][$el][3+ $nbtag]; # le numÃ©ro du noeud
               # $les_references{"$indic_ref"} = le nom de la rÃ©fÃ©rence, si ce n'est pas directement le nombre
               my $nom = $les_references{"$indic_ref"};
               #print "\n l equivalent d'indicateur de ref ".$nom;
               if ($nom ne undef)
                { # cas ou le nom de la rÃ©fÃ©rence existe
                  if ( $ref_noeud{'N_' . $nom} == undef)
                    # si la rÃ©fÃ©rence n'est pas dÃ©finie on la dÃ©finie
                    { my @tab = ($nbnoe);
                      #print "\n la cle = " . 'N_' . $nom;
                      $ref_noeud{'N_' . $nom} = [@tab]; # on sauvegarde le tableau
                    }
                  else
                    { #print "\n la cle = " . 'N_' . $nom;
                      push @{$ref_noeud{'N_' . $nom}}, $nbnoe;
                    };
                }
               else
                { # cas ou le nom de la rÃ©fÃ©rence n'existe pas, on utilise directement le nombre
                  if ( $ref_noeud{'N_' ."$indic_ref"} == undef)
                    # si la rÃ©fÃ©rence n'est pas dÃ©finie on la dÃ©finie
                    { my @tab = ($nbnoe);
                      $ref_noeud{'N_' ."$indic_ref"} = [@tab]; # on sauvegarde le tableau
                    }
                  else
                    { push @{$ref_noeud{'N_' ."$indic_ref"}}, $nbnoe;
                    };
                };
             };
            #  --- puis les 2 tags  automatique:
            #    1) le numÃ©ro de l'entitÃ© gÃ©omÃ©trique Ã©lÃ©mentaires
            #    2) le numÃ©ro de la partition de maillage
            #  en fait pour les points il semble qu'il n'y ait que un tag sup, donc on va jusqu'Ã  $nbtag-1
            my $geoParti = 1; # pour choisir entre les deux
            for (my $ic = $nbtag-1 ; $ic < $nbtag; $ic++,$geoParti++)
             { my $indic_ref = $liste_element[$j][$el][3+$ic]; # l'indicateur de la rÃ©fÃ©rence
               #print "\n indicateur de la reference : ".$indic_ref;
               my $nbnoe = $liste_element[$j][$el][3+ $nbtag]; # le numÃ©ro du noeud
               # ici il s'agit exclusiment de nombre,  on l'utilise directement
               # on signale la diffÃ©rence avec $geoParti
               if ( $ref_noeud{'N_'."$geoParti".'_'."$indic_ref"} == undef)
                # si la rÃ©fÃ©rence n'est pas dÃ©finie on la dÃ©finie
                { my @tab = ($nbnoe);
                  $ref_noeud{'N_'."$geoParti".'_'."$indic_ref"} = [@tab]; # on sauvegarde le tableau
                }
               else
                { push @{$ref_noeud{'N_'."$geoParti".'_'."$indic_ref"}}, $nbnoe;
                };
             };
          }

         else # diff de 15 donc Ã©lÃ©ments normal
          # ------- cas des rÃ©fÃ©rences d'Ã©lÃ©ments  -----
          #  on va Ã©galement crÃ©er des rÃ©fÃ©rences de noeuds correspondants Ã  chaques rÃ©fÃ©rences particuliÃ¨res
          # d'Ã©lÃ©ments ce qui permettra d'avoir des ref des noeuds de lignes, de surfaces ou de volumes particuliÃ¨res
          { # on balaie les tag pour ajouter
            my $tyyp = $liste_element[$j][$el][1]; # le type de l'Ã©lÃ©ment
            my $nbtag = $liste_element[$j][$el][2]; # rÃ©cup du nombre de tag
            # on diffÃ©rencie les deux derniers tags qui sont  :
            #    1) le numÃ©ro de l'entitÃ© gÃ©omÃ©trique Ã©lÃ©mentaires
            #    2) le numÃ©ro de la partition de maillage
            #  --- tout d'abord les tag des noms physiques (ceux qui ne sont pas gÃ©nÃ©rÃ© automatiquement)
            my %tag_deja_traite;
            my $fin_tag = $nbtag-2;# ajout StÃ©phane version 1.8
            if ($mesh_format ge "2.2") {$fin_tag++;};# ajout StÃ©phane version 1.8
            for (my $ic = 0; $ic < $fin_tag; $ic++)   # ajout StÃ©phane version 1.8
               # for (my $ic = 0; $ic < $nbtag-2; $ic++)   # modif StÃ©phane version 1.8
               { my $indic_ref = $liste_element[$j][$el][3+$ic]; # l'indicateur de la rÃ©fÃ©rence
                 # dans le cas oÃ¹ il y a un nom de rÃ©fÃ©rence, l'indicateur de rÃ©fÃ©rence est doublÃ©
                 # ce qui n'est pas normal, on supprime ce doublement
                 if ($tag_deja_traite{"$indic_ref"} ne undef)
                   {next;}
                 $tag_deja_traite{"$indic_ref"} = '1'; # de maniere Ã  pas avoir de undef

                 #print "\n indicateur de la reference : ".$indic_ref;
                 # $les_references{"$indic_ref"} = le nom de la rÃ©fÃ©rence, si ce n'est pas directement le nombre
                 my $nom = $les_references{"$indic_ref"};
                 #print "\n l equivalent d'indicateur de ref ".$nom;
                 if ($nom ne undef)
                  { # cas ou le nom de la rÃ©fÃ©rence d'Ã©lÃ©ment existe (on applique les m^eme rÃ¨gles pour les N associÃ©s)
                    if ( $ref_element{'E_' . $nom} == undef)
                     # si la rÃ©fÃ©rence n'est pas dÃ©finie on la dÃ©finie
                     {
                       #print "\n la cle = " . 'E_' . $nom;
                       # on n'intervient pour les ref d'Ã©lÃ©ments que si ces Ã©lÃ©ments sont Ã  retenir
                       if ($number_type[$j]  != 0)
                         { my @tab = ($numero);
                           $ref_element{'E_' . $nom} = [@tab]; # on sauvegarde le tableau
                           # idem pour la ref de surfaces associÃ©s, mais ici dans le cas ou c'est un Ã©lÃ©ment de surface
                           #print "\n le type de geom  = " . 'E_' . $nom;
                           if ($type_geom[$tyyp] eq "SURFACE")
                            { my @tab_S = ($numero);
                              $ref_surface{'F_' . $nom} = [@tab_S]; # on sauvegarde le tableau
                            };
                          # idem pour la ref d'arete associÃ©s, mais ici dans le cas ou c'est un Ã©lÃ©ment linÃ©ique
                          if ($type_geom[$tyyp] eq "LIGNE")
                           { my @tab_L = ($numero);
                             $ref_arete{'A_' . $nom} = [@tab_L]; # on sauvegarde le tableau
                           };
                         };
                      }
                    else
                     { #print "\n la cle = " . 'E_' . $nom;
                       # on n'intervient pour les ref d'Ã©lÃ©ments que si ces Ã©lÃ©ments sont Ã  retenir
                       if ($number_type[$j]  != 0)
                        { push @{$ref_element{'E_' . $nom}}, $numero;
                          # idem pour la ref de surfaces associÃ©s, mais ici dans le cas ou c'est un Ã©lÃ©ment de surface
                          if ($type_geom[$tyyp] eq "SURFACE")
                           { push @{$ref_surface{'F_' . $nom}}, $numero;};
                             # idem pour la ref d'arete associÃ©s, mais ici dans le cas ou c'est un Ã©lÃ©ment linÃ©ique
                          if ($type_geom[$tyyp] eq "LIGNE")
                           { push @{$ref_arete{'A_' . $nom}}, $numero;};
                        };
                     };

                    # idem pour la ref de noeuds associÃ©s, mais ici dans tous les cas
                    if ( $ref_noeud{'N_'."$type_geom[$tyyp]".'_'.$nom} == undef)
                     { my  @t_noeud_ref_elem; # on sauvegarde le tableau (mais ici pour l'instant sans rien dedans)
                       $ref_noeud{'N_'."$type_geom[$tyyp]".'_'.$nom} = [@t_noeud_ref_elem];
                     };
                    # on rempli le tableau de num de noeud pour la ref de noeuds associÃ©
                    for (my $ia =0;$ia < $nbn_par_elem[$tyyp]; $ia++)
                     { my $bb = $liste_element[$j][$el][3+ $nbtag + $ia ]; # le numero de noeud
                       push @{$ref_noeud{'N_'."$type_geom[$tyyp]".'_'.$nom}}, $bb;
                     };
                  }
                 else
                  { # cas ou le nom de la rÃ©fÃ©rence n'existe pas, on utilise directement le nombre
                    if ( $ref_element{'E_' ."$indic_ref"} == undef)
                     # si la rÃ©fÃ©rence n'est pas dÃ©finie on la dÃ©finie
                     { # on n'intervient pour les ref d'Ã©lÃ©ments que si ces Ã©lÃ©ments sont Ã  retenir
                       if ($number_type[$j]  != 0)
                        { my @tab = ($numero);
                          $ref_element{'E_' ."$indic_ref"} = [@tab]; # on sauvegarde le tableau
                          # idem pour la ref de surfaces associÃ©s, mais ici dans le cas ou c'est un Ã©lÃ©ment de surface
                          if ($type_geom[$tyyp] eq "SURFACE")
                            { my @tab_S = ($numero);
                              $ref_surface{'F_' ."$indic_ref"} = [@tab_S]; # on sauvegarde le tableau
                            };
                           # idem pour la ref d'arete associÃ©s, mais ici dans le cas ou c'est un Ã©lÃ©ment linÃ©ique
                           if ($type_geom[$tyyp] eq "LIGNE")
                            { my @tab_L = ($numero);
                              $ref_arete{'A_' . "$indic_ref"} = [@tab_L]; # on sauvegarde le tableau
                            };
                        };
                     }
                    else
                     { # on n'intervient pour les ref d'Ã©lÃ©ments que si ces Ã©lÃ©ments sont Ã  retenir
                       if ($number_type[$j]  != 0)
                         { push @{$ref_element{'E_' ."$indic_ref"}}, $numero;
                           # idem pour la ref de surfaces associÃ©s, mais ici dans le cas ou c'est un Ã©lÃ©ment de surface
                           if ($type_geom[$tyyp] eq "SURFACE")
                            { push @{$ref_surface{'F_' . "$indic_ref"}}, $numero;};
                           # idem pour la ref d'arete associÃ©s, mais ici dans le cas ou c'est un Ã©lÃ©ment linÃ©ique
                           if ($type_geom[$tyyp] eq "LIGNE")
                            { push @{$ref_arete{'A_' . "$indic_ref"}}, $numero;};
                         };
                     };

                    # idem pour la ref de noeuds associÃ©s, mais ici dans tous les cas
                    if ( $ref_noeud{'N_'."$type_geom[$tyyp]".'_'."$indic_ref"} == undef)
                     { my  @t_noeud_ref_elem; # on sauvegarde le tableau (mais ici pour l'instant sans rien dedans)
                       $ref_noeud{'N_'."$type_geom[$tyyp]".'_'."$indic_ref"} = [@t_noeud_ref_elem];
                     };
                    # on rempli le tableau de num de noeud pour la ref de noeuds associÃ©
                    for (my $ia =0;$ia < $nbn_par_elem[$tyyp]; $ia++)
                      { my $bb = $liste_element[$j][$el][3+ $nbtag + $ia ]; # le numero de noeud
                        push @{$ref_noeud{'N_'."$type_geom[$tyyp]".'_'."$indic_ref"}}, $bb;
                      };
                  };
               };
            #  --- puis les 2 tags  automatique:
            #    1) le numÃ©ro de l'entitÃ© gÃ©omÃ©trique Ã©lÃ©mentaires
            #    2) le numÃ©ro de la partition de maillage
            # on n'intervient pour les ref d'Ã©lÃ©ments que si ces Ã©lÃ©ments sont Ã  retenir
            if ($number_type[$j]  != 0)
             { my $geoParti = 1; # pour choisir entre les deux
               for (my $ic = $nbtag-2 ; $ic < $nbtag; $ic++,$geoParti++)
                 { my $indic_ref = $liste_element[$j][$el][3+$ic]; # l'indicateur de la rÃ©fÃ©rence
                   # dans le cas oÃ¹ il y a un nom de rÃ©fÃ©rence, l'indicateur de rÃ©fÃ©rence est doublÃ©
                   # ce qui n'est pas normal, on supprime ce doublement
                   if ($tag_deja_traite{"$indic_ref"} ne undef)
                     {next;}
                   $tag_deja_traite{"$indic_ref"} = '1'; # de maniere Ã  pas avoir de undef

                   { # cas ou le nom de la rÃ©fÃ©rence n'existe pas, on utilise directement le nombre
                     if ( $ref_element{'E_'."$geoParti".'_'."$indic_ref"} == undef)
                       # si la rÃ©fÃ©rence n'est pas dÃ©finie on la dÃ©finie
                       { my @tab = ($numero);
                         $ref_element{'E_'."$geoParti".'_'."$indic_ref"} = [@tab]; # on sauvegarde le tableau
                       }
                     else
                       { push @{$ref_element{'E_'."$geoParti".'_'."$indic_ref"}}, $numero;
                       };
                   };
                 };
             };

          };
         # on suit le cas de l'Ã©criture finale des Ã©lÃ©ments donc on n'incrÃ©mente le numÃ©ro
         # d'Ã©lÃ©ment que s'il sera Ã©crit
         if ($number_type[$j]  != 0)
               { $numero++;};
       };
   };
 };


# --- maintenant, pour les rÃ©fÃ©rences de noeuds on va supprimer les doublons, car le mode
#    de construction des rÃ©fÃ©rences d'Ã©lÃ©ments entra^ine systÃ©matiquement des doublons
foreach my $refno(keys %ref_noeud)
  { # on crÃ©e une table de hachage de num de noeuds
    my %les_noeuds;
    # on parcours les numÃ©ros que l'on stocke dans la table (mais ici le mode de stockage
    # conduit Ã  pas de doublon
    foreach my $nbnoeu ( @{$ref_noeud{$refno}})
     { $les_noeuds{$nbnoeu} = $nbnoeu;};
    # maintenant on crÃ©e un tableau intermÃ©diaire qui va contenir les noeuds dÃ©finitif
    my @noeuds_def;
    foreach my $cle (sort keys %les_noeuds)
     { push @noeuds_def,$les_noeuds{$cle};
     };
    # enfin on remplace le tableau associÃ© Ã  la rÃ©fÃ©rence de noeud par celui que l'on vient de crÃ©er
    $ref_noeud{$refno} = [@noeuds_def];
  };


# ++++++++++++++++++++++ fin crÃ©ation des rÃ©fÃ©rences ++++++++++++++++++++++++++


print ("\n ");

close (fic_msh);



#====================== Ã©criture du fichier .her ============================

#------------------- Ã©criture de l'entete du fichier .her ---------------------

print fic_her ("\n");
print fic_her $EN_TETE_MSH2ER;
print fic_her ("\n\n\n");
my $nom_maillage = $fichier_her;
$nom_maillage  =~ s/\.her//;
print fic_her ("\n      nom_maillage ".$nom_maillage ."\n\n");
#------------------- Ã©criture des noeuds ---------------------

#              ------ entete des noeuds --------

print fic_her ("\n" . '    noeuds ------------');
print fic_her ("\n  $nb_noeud    NOEUDS  ");       # ici Ã©criture du nombre de noeuds
print fic_her ("\n\n\n");
print fic_her ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
print fic_her ("\n" . ' #|NO DU|        X         |        Y         |          Z      |');
print fic_her ("\n" . ' #|NOEUD|                  |                  |                 |');
print fic_her ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
print fic_her ("\n");

#              ------ la liste des coordonnÃ©es des noeuds --------
for (my $k=0; $k < $nb_noeud; $k++)
 { my $enreg = $les_noeuds[$k];
   @champ = split (/\s+/,$enreg); # le /s+/ permet de sÃ©parer sur des espaces
#  print fic_her ("\n ". ($k+1) ."     ". $champ[1] ."      ". $champ[2] ."     ". $champ[3]  );
   print fic_her ("\n ". $champ[0] ."     ". $champ[1] ."      ". $champ[2] ."     ". $champ[3]  );
 };
print fic_her ("\n\n\n");

#              ------ liste de rÃ©fÃ©rences de noeuds -----------
print fic_her ("\n\n\n");
print fic_her ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
print fic_her ("\n" . ' #                      references de noeuds                    |');
print fic_her ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
print fic_her ("\n");

foreach my $refno (keys %ref_noeud)
  {
    #MODIF J. Troufflard : option -nom_ref_strict
    #                      => suppression des eventuels ajouts de "_LIGNE", "_SURFACE", "_VOLUME" dans
    #                         les noms de liste de reference
    my $nom_ref_a_ecrire = $refno;
    if($is_opt_nom_ref_strict) {
      $nom_ref_a_ecrire =~ s/_LIGNE//;
      $nom_ref_a_ecrire =~ s/_SURFACE//;
      $nom_ref_a_ecrire =~ s/_VOLUME//;
    }

    #MODIF J. Troufflard : option -only_ref => on ne garde que les refs contenues dans la liste @liste_only_ref
    next if($is_opt_only_ref and not " @liste_only_ref " =~ / $nom_ref_a_ecrire /);

    print fic_her ( "\n  ".$nom_ref_a_ecrire . "  "); # le nom de la rÃ©fÃ©rence
    my $compteur = 1;
    foreach my $nbnoeu ( @{$ref_noeud{$refno}})
     { print fic_her ( $nbnoeu . "  ");
       $compteur++;
       if ($compteur > 20)
         { print fic_her ("\n        ");
           $compteur = 1;
         };
     };
    print fic_her ("\n        ");
  };

#------------------- fin Ã©criture des noeuds ---------------------

#-------------------- Ã©criture des Ã©lÃ©ments --------------------

print fic_her ("\n\n\n");
print fic_her ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
print fic_her ("\n" . ' #                      les elements                            |');
print fic_her ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');

#              ------ entete des Ã©lÃ©ments  --------

# on compte les Ã©lÃ©ments Ã  sortir
my $nb_elementASortir = 0;
for (my $j=1;$j<=$taille_list_elem;$j++)
  { if ($number_type[$j]  != 0)
      { $nb_elementASortir += $number_type[$j];};
  };


print fic_her ("\n" . '    elements  ------------');
print fic_her ("\n  $nb_elementASortir    ELEMENTS   ");  # ici Ã©criture du nombre de noeuds
print fic_her ("\n\n\n");
print fic_her ("\n" . '  #----------------------------------------------------------------------');
print fic_her ("\n" . '  #| NO  |                           |                                  |');
print fic_her ("\n" . '  #|ELTS |     type element          |       Noeuds                     |');
print fic_her ("\n" . '  #----------------------------------------------------------------------');
print fic_her ("\n");

#              ------ Ã©criture des Ã©lÃ©ments ------

$numero = 1;
for (my $j=1;$j<=$taille_list_elem;$j++)
{ if ($number_type[$j]  != 0)
    { my $nb_el = $number_type[$j];
      for (my $el = 0;$el < $nb_el;$el++)
       { my $nbtag = $liste_element[$j][$el][2];
         # Ã©criture du numÃ©ro de l'Ã©lÃ©ment puis du descriptif
         print fic_her ("\n ". $numero ."  ". $type_herezh_element[$j] .$type_out_integration[$j]."  ");
         my $tyyp = $liste_element[$j][$el][1]; # le type de l'Ã©lÃ©ment
         #print " tyyp= ".$tyyp."\n";
         for (my $ia =0;$ia < $nbn_par_elem[$j]; $ia++)
          { # $ia = numÃ©ro d'ordre du noeud au format gmsh
            # $connex[$tyyp][$ia]  = numÃ©ro d'ordre du noeud au format herezh++
            #print " ia= " . $ia ." connex= " . $connex[$tyyp][$ia]." ";
            my $bb = $liste_element[$j][$el][2+ $nbtag + $connex[$tyyp][$ia] ]; # le numero herezh
            print fic_her ( $bb . " ");
          };
        $numero++;
       }
   };
};

#             ------- Ã©criture des rÃ©fÃ©rences d'Ã©lÃ©ments ---------
print fic_her ("\n\n\n");
print fic_her ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
print fic_her ("\n" . ' #                      references elements                     |');
print fic_her ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
print fic_her ("\n");

foreach my $refel (keys %ref_element)
  { 
    #MODIF J. Troufflard : option -nom_ref_strict
    #                      => suppression des eventuels ajouts de "_LIGNE", "_SURFACE", "_VOLUME" dans
    #                         les noms de liste de reference
    my $nom_ref_a_ecrire = $refel;
    if($is_opt_nom_ref_strict) {
      $nom_ref_a_ecrire =~ s/_LIGNE//;
      $nom_ref_a_ecrire =~ s/_SURFACE//;
      $nom_ref_a_ecrire =~ s/_VOLUME//;
    }

    #MODIF J. Troufflard : option -only_ref => on ne garde que les refs contenues dans la liste @liste_only_ref
    next if($is_opt_only_ref and not " @liste_only_ref " =~ / $nom_ref_a_ecrire /);

    print fic_her ( "\n  ".$nom_ref_a_ecrire . "  "); # le nom de la rÃ©fÃ©rence
    my $compteur = 1;
    foreach my $nbnelem ( @{$ref_element{$refel}})
     { print fic_her ( $nbnelem  . "  ");
       $compteur++;
       if ($compteur > 24)
         { print fic_her ("\n        ");
           $compteur = 1;
         };
     };
    print fic_her ("\n        ");
  };

#             ------- Ã©criture des rÃ©fÃ©rences d'arete d'Ã©lÃ©ments ---------
print fic_her ("\n\n\n");
print fic_her ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
print fic_her ("\n" . ' #                      references aretes elements              |');
print fic_her ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
print fic_her ("\n");

foreach my $refel (keys %ref_arete)
  { 
    #MODIF J. Troufflard : option -nom_ref_strict
    #                      => suppression des eventuels ajouts de "_LIGNE", "_SURFACE", "_VOLUME" dans
    #                         les noms de liste de reference
    my $nom_ref_a_ecrire = $refel;
    if($is_opt_nom_ref_strict) {
      $nom_ref_a_ecrire =~ s/_LIGNE//;
      $nom_ref_a_ecrire =~ s/_SURFACE//;
      $nom_ref_a_ecrire =~ s/_VOLUME//;
    }

    #MODIF J. Troufflard : option -only_ref => on ne garde que les refs contenues dans la liste @liste_only_ref
    next if($is_opt_only_ref and not " @liste_only_ref " =~ / $nom_ref_a_ecrire /);

    print fic_her ( "\n  ".$nom_ref_a_ecrire . "  "); # le nom de la rÃ©fÃ©rence
    my $compteur = 1;
    foreach my $nbnelem ( @{$ref_arete{$refel}})
     { print fic_her ( $nbnelem  . " 1  ");
       $compteur++;
       if ($compteur > 15)
         { print fic_her ("\n        ");
           $compteur = 1;
         };
     };
    print fic_her ("\n        ");
  };

#             ------- Ã©criture des rÃ©fÃ©rences de faces d'Ã©lÃ©ments ---------
print fic_her ("\n\n\n");
print fic_her ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
print fic_her ("\n" . ' #                      references de faces elements             |');
print fic_her ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
print fic_her ("\n");

foreach my $refel (keys %ref_surface)
  { 
    #MODIF J. Troufflard : option -nom_ref_strict
    #                      => suppression des eventuels ajouts de "_LIGNE", "_SURFACE", "_VOLUME" dans
    #                         les noms de liste de reference
    my $nom_ref_a_ecrire = $refel;
    if($is_opt_nom_ref_strict) {
      $nom_ref_a_ecrire =~ s/_LIGNE//;
      $nom_ref_a_ecrire =~ s/_SURFACE//;
      $nom_ref_a_ecrire =~ s/_VOLUME//;
    }

    #MODIF J. Troufflard : option -only_ref => on ne garde que les refs contenues dans la liste @liste_only_ref
    next if($is_opt_only_ref and not " @liste_only_ref " =~ / $nom_ref_a_ecrire /);

    print fic_her ( "\n  ".$nom_ref_a_ecrire . "  "); # le nom de la rÃ©fÃ©rence
    my $compteur = 1;
    foreach my $nbnelem ( @{$ref_surface{$refel}})
     { print fic_her ( $nbnelem  . " 1  ");
       $compteur++;
       if ($compteur > 15)
         { print fic_her ("\n        ");
           $compteur = 1;
         };
     };
    print fic_her ("\n        ");
  };


#------------------- fin Ã©criture des Ã©lÃ©ments ---------------------



print fic_her ("\n\n\n");
close (fic_her);  # fermeture du fichier de maillage .her




#MODIF J. Troufflard : lecture du maillage dans des variables pour effectuer diverses operations par la suite
my ($nb_noeuds, $ref_noeuds, $nb_elts, $ref_elements, @ref_listes);
($nom_maillage, $nb_noeuds, $ref_noeuds, $nb_elts, $ref_elements, @ref_listes) = lecture_mail_her($fichier_her);

#MODIF J. Troufflard : suppression des noeuds non references
#     cette operation supprime les noeuds qui n appartiennent a aucun element
#     et actualise en consequence les listes de references (reecriture complete du fichier .her)
suppr_noeuds_non_references($fichier_her, $nom_maillage, $nb_noeuds, $ref_noeuds, $nb_elts, $ref_elements, \@ref_listes);

#MODIF J. Troufflard : en cas d option -only_ref, on regarde si des listes demandees n ont pas ete trouvees
#                      en cas d absence de listes, on le signale dans le terminal
if($is_opt_only_ref) {
  #recuperation de tous les noms de liste de reference du maillage actuel (dans une chaine de caracteres)
  my $listes_ref = "";
  #-- noeuds
  foreach my $nom (keys(%{$ref_listes[0]})) {
    $listes_ref .= " $nom";
  }
  #-- aretes
  foreach my $nom (keys(%{$ref_listes[1]})) {
    $listes_ref .= " $nom";
  }
  #-- faces
  foreach my $nom (keys(%{$ref_listes[2]})) {
    $listes_ref .= " $nom";
  }
  #-- elements
  foreach my $nom (keys(%{$ref_listes[3]})) {
    $listes_ref .= " $nom";
  }
  $listes_ref .= " ";

  #verif des listes -only_ref
  my @listes_manquantes;
  foreach my $nom (@liste_only_ref) {
    next if($listes_ref =~ / $nom /);
    push(@listes_manquantes, $nom);
  }
  #si des listes manquent, on les affiche
  if($#listes_manquantes != -1) {
    print "\n";
    print "**option -only_ref :\n";
    print "    les listes suivantes, requises par -only_ref, n ont pas ete trouvees :\n";
    print "      > $_\n" for @listes_manquantes;
    print "\n";
  }
}

#MODIF J. Troufflard : application de l option -axi => transformer les elements POUT, TRIANGLE et QUADRANGLE en SEG_AXI, TRIA_AXI et QUAD_AXI
if($is_opt_axi) {
  print "\n";
  print "**option -axi : transformation des elements POUT, TRIANGLE et QUADRANGLE en elements axisymetriques...\n";
  print "\n";
  open(FIC, "<$fichier_her");
  open(FIC2, ">$fichier_her.abcdefgh$$.her");
  while(<FIC>) {
    s/^(\s*\d+\s+)POUT(\s+)/$1SEG_AXI$2/;
    s/^(\s*\d+\s+)TRIANGLE(\s+)/$1TRIA_AXI$2/;
    s/^(\s*\d+\s+)QUADRANGLE(\s+)/$1QUAD_AXI$2/;
    print FIC2;
  }
  close(FIC);
  close(FIC2);
  system("mv -f $fichier_her.abcdefgh$$.her $fichier_her");
}#if($is_opt_axi)





print  ("\n" . '#############################################################################');
print  ("\n" . '#msh2her.pl                                                                 #');
print  ("\n" . '#    fin creation du fichier de maillage .her                               #');
print  ("\n" . '#############################################################################'."\n\n");







#MODIF J. Troufflard
#----------------
#sub qui gere la suppression des noeuds non references
#  en entree : nom du fichier .her contenant le maillage
#
#  fonctionnement :
#    on part du maillage qui est ecrit une premiere fois par msh2her.pl avant l appel a cette sub
#
#     etape 1) recuperation du maillage en entree via les variables fournies par la sub lecture_mail_her()  (nom maillage, noeuds, etc...)
#     etape 2) modification des variables (noeuds, elements, liste de ref) en fonction de la suppression des
#              eventuels noeuds non references
#     etape 3) reecriture du fichier maillage
#              le maillage est reecrit en conservant le style du fichier produit auparavant
#
#              **** A FAIRE DANS UNE PROCHAINE VERSION (a propos etape 3) ) ***
#                le choix de reprendre le style est fait pour garder une coherence avec les fichiers .her produits par 
#              les versions anterieures de msh2her.pl.
#                ca fait un peu doublon en terme de code. Il faudrait ecrire une sub
#              qui centralise l operation d ecriture du maillage. Elle serait appelee une fois apres la lecture du .msh
#              et une seconde fois dans la sub suppr_noeuds_non_references()
#              **Probleme a gerer : actuellement la structure des variables est tres differente
#              entre celles utilises lors la lecture du .msh (@les_noeuds, @type_herezh_element, etc...)
#              et celles fournies en sortie de la sub lecture_mail_her()
#
sub suppr_noeuds_non_references {
  my $fher = shift;
  my $nom_maillage = shift;
  my $nb_noeuds = shift;
  my $ref_noeuds = shift;
  my $nb_elts = shift;
  my $ref_elements = shift;
  my $tmp_ref_listes = shift;
  my @ref_listes = @$tmp_ref_listes;#on remet le dernier argument sous forme de liste

  #liste des noeuds n appartenant a aucun element (noeuds non references)
  my @ind_noeuds; for(my $i=1; $i<=$nb_noeuds; $i++) {$ind_noeuds[$i] = 0;}
  for(my $i=1; $i<=$nb_elts; $i++) {foreach my $noeud (@{$ref_elements->{$i}{'CONNEX'}}) {$ind_noeuds[$noeud] = 1;}}
  my @noeuds_non_ref;
  for(my $i=1; $i<=$nb_noeuds; $i++) {push(@noeuds_non_ref,$i) if($ind_noeuds[$i] == 0);}
  
  #suppression des noeuds non references et modif dans les listes de noeuds
  for(my $i=1; $i<=$nb_noeuds; $i++) {
    undef(@{$ref_noeuds->[$i]}) if(not $ind_noeuds[$i]);
  }
  #creation de la nouvelle table des noeuds
  my @tab_noeuds_final; my $nb_noeuds_final = 0;
  my @tab_corresp_ini_final;
  for(my $i=1; $i<=$nb_noeuds; $i++) {
    $tab_corresp_ini_final[$i] = 0;
    next if(not defined($ref_noeuds->[$i][0]));
    $nb_noeuds_final++;
    @{$tab_noeuds_final[$nb_noeuds_final]} = @{$ref_noeuds->[$i]};
    $tab_corresp_ini_final[$i] = $nb_noeuds_final;
  }
  #modif de la table des elements
  for(my $i=1; $i<=$nb_elts; $i++) {
    for(my $j=0; $j<=$#{$ref_elements->{$i}{'CONNEX'}}; $j++) {
      $ref_elements->{$i}{'CONNEX'}[$j] = $tab_corresp_ini_final[$ref_elements->{$i}{'CONNEX'}[$j]];
    }
  }
  #modif des listes de noeuds
  my $noeud_old;
  my @new_liste;
  foreach my $nom_liste (keys(%{$ref_listes[0]})) {
    undef(@new_liste);
    for(my $i=0; $i<=$#{$ref_listes[0]->{$nom_liste}}; $i++) {
      $noeud_old = $ref_listes[0]->{$nom_liste}[$i];
      push(@new_liste,$tab_corresp_ini_final[$noeud_old]) if(defined($ref_noeuds->[$noeud_old][0]));
    }
    #si nouvelle liste non vide, on remplace
    if(defined($new_liste[0])) {
      @{$ref_listes[0]->{$nom_liste}} = @new_liste;
    }
    #sinon, on supprime la key de la table avec delete()
    else {delete($ref_listes[0]->{$nom_liste});}
  }#foreach my $nom_liste (keys(%{$ref_listes[0]}))
  
  
  #saisie de l ordre des listes de references dans le fichier (pour les recopier dans le meme ordre que le fichier original)
  # (on les classe par "level", c est-a-dire : "NOEUDS"   => apres les noeuds dans le .her
  #                                            "ELEMENTS" => apres les elements dans le .her
  my %ordre_listes;
  my $level;

  open(Fher, "<$fher");
  while(<Fher>) {
    if(/^\s*noeuds/) {$level = "NOEUDS";}
    elsif(/^\s*elements/) {$level = "ELEMENTS";}
    elsif(/^\s*(N\S+)/) {push(@{$ordre_listes{$level}},$1);}
    elsif(/^\s*(A\S+)/) {push(@{$ordre_listes{$level}},$1);}
    elsif(/^\s*(F\S+)/) {push(@{$ordre_listes{$level}},$1);}
    elsif(/^\s*(E\S+)/) {push(@{$ordre_listes{$level}},$1);}
    elsif(/^\s*(G\S+)/) {push(@{$ordre_listes{$level}},$1);}
  }
  close(Fher);

  #reecriture du maillage (en reprenant la presentation du fichier
  open(Fher, ">$fher");

  print Fher ("\n");
  print Fher ("\n" . '#############################################################################');
  print Fher ("\n" . '#                                                                           #');
  print Fher ("\n" . '#                               msh2her.pl                                  #');
  print Fher ("\n" . '#    transformation d\'un maillage genere par le programme gmsh              #');
  print Fher ("\n" . '#    en un maillage utilisable par Herezh++                                 #');
  print Fher ("\n" . '#############################################################################');
  print Fher ("\n" . '#  licence GPL,                        gerard.rio@univ-ubs.fr               #');
  print Fher ("\n" . '#                                    http://www-lg2m.univ-ubs.fr/~rio       #');
  print Fher ("\n" . '#  version '."$version".'                                                              #');
  print Fher ("\n" . '#############################################################################');
  print Fher ("\n\n\n");

  #nom du maillage (eventuel)
  print Fher "\n      nom_maillage $nom_maillage\n\n" if(defined($nom_maillage));

  #noeuds
  print Fher "\n    noeuds ------------";
  print Fher "\n  $nb_noeuds_final    NOEUDS";
  print Fher "\n\n\n";
  print Fher ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
  print Fher ("\n" . ' #|NO DU|        X         |        Y         |          Z      |');
  print Fher ("\n" . ' #|NOEUD|                  |                  |                 |');
  print Fher ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
  print Fher ("\n");

  for(my $i=1; $i<=$nb_noeuds_final; $i++) {
    print Fher ("\n ". $i."     ". $tab_noeuds_final[$i][0] ."      ". $tab_noeuds_final[$i][1] ."     ". $tab_noeuds_final[$i][2]  );
  }
  print Fher "\n\n\n";

  #listes de noeuds dans .her
  print Fher "\n\n\n";
  print Fher ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
  print Fher ("\n" . ' #                      references de noeuds                    |');
  print Fher ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
  print Fher ("\n");
  foreach my $nom_liste (@{$ordre_listes{'NOEUDS'}}) {
    next if(not defined($ref_listes[0]->{$nom_liste}[0]));
    ecrire_liste_N_E(*Fher, "  ".$nom_liste, @{$ref_listes[0]->{$nom_liste}});
    print Fher "\n";
  }
  print Fher "\n" if($#{$ordre_listes{'NOEUDS'}} != -1);

  #elements
  print Fher ("\n\n\n");
  print Fher ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
  print Fher ("\n" . ' #                      les elements                            |');
  print Fher ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');

  print Fher ("\n" . '    elements  ------------');
  print Fher "\n  $nb_elts    ELEMENTS";
  print Fher "\n\n\n";
  print Fher ("\n" . '  #----------------------------------------------------------------------');
  print Fher ("\n" . '  #| NO  |                           |                                  |');
  print Fher ("\n" . '  #|ELTS |     type element          |       Noeuds                     |');
  print Fher ("\n" . '  #----------------------------------------------------------------------');
  print Fher ("\n");
  for(my $i=1; $i<=$nb_elts; $i++) {
    print Fher " $i  $ref_elements->{$i}{'TYPE'}    @{$ref_elements->{$i}{'CONNEX'}}\n";
  }
  print Fher "\n" if($#{$ordre_listes{'ELEMENTS'}} != -1);


  #listes elements
  print Fher ("\n\n\n");
  print Fher ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
  print Fher ("\n" . ' #                      references elements                     |');
  print Fher ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
  print Fher ("\n");

  for(my $i=0; $i<=$#{$ordre_listes{'ELEMENTS'}}; $i++) {
    # rq : $ordre_listes{'ELEMENTS'}[$i] contient le nom de la liste

    next if(not $ordre_listes{'ELEMENTS'}[$i] =~ /^E/); # uniquement les listes d elements

    next if(not defined($ref_listes[3]->{$ordre_listes{'ELEMENTS'}[$i]}[0]));
    ecrire_liste_N_E(*Fher, "\n  ".$ordre_listes{'ELEMENTS'}[$i], @{$ref_listes[3]->{$ordre_listes{'ELEMENTS'}[$i]}});
  }

  #listes d aretes
  print Fher ("\n\n\n");
  print Fher ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
  print Fher ("\n" . ' #                      references aretes elements              |');
  print Fher ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
  print Fher ("\n");

  for(my $i=0; $i<=$#{$ordre_listes{'ELEMENTS'}}; $i++) {
    # rq : $ordre_listes{'ELEMENTS'}[$i] contient le nom de la liste

    next if(not $ordre_listes{'ELEMENTS'}[$i] =~ /^A/); # uniquement les listes d aretes

    next if(not defined($ref_listes[1]->{$ordre_listes{'ELEMENTS'}[$i]}[0]));
    ecrire_liste_A_F(*Fher, "\n  ".$ordre_listes{'ELEMENTS'}[$i], @{$ref_listes[1]->{$ordre_listes{'ELEMENTS'}[$i]}});
  }

  #listes de faces
  print Fher ("\n\n\n");
  print Fher ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
  print Fher ("\n" . ' #                      references de faces elements              |');
  print Fher ("\n" . ' #---------------------------------------------------------------');
  print Fher ("\n");

  for(my $i=0; $i<=$#{$ordre_listes{'ELEMENTS'}}; $i++) {
    # rq : $ordre_listes{'ELEMENTS'}[$i] contient le nom de la liste

    next if(not $ordre_listes{'ELEMENTS'}[$i] =~ /^F/); # uniquement les listes de faces

    next if(not defined($ref_listes[2]->{$ordre_listes{'ELEMENTS'}[$i]}[0]));
    ecrire_liste_A_F(*Fher, "\n  ".$ordre_listes{'ELEMENTS'}[$i], @{$ref_listes[2]->{$ordre_listes{'ELEMENTS'}[$i]}});
  }


  #
  # NB : pour l instant, pas de listes de points d integration a ecrire dans msh2her.pl
  #      a modifier le jour ou il y en aura (elles sont deja dispos dans @ordre_listes{'ELEMENTS'} )
  #

  close(Fher);

}#sub suppr_noeuds_non_references


#----------------



#MODIF J. Troufflard
#----------------
#sub qui lit un maillage herezh++ pour recuperer les noeuds, les elements et les listes de references
#et les renvoier sous forme de reference (lecture du .her et d un .lis si il existe)
#
# exemple d appel :
#  my ($nom_maillage, $nb_noeuds, $ref_tab_noeuds, $nb_elts, $ref_tab_elements, @ref_listes) = lecture_mail_her("fic_her");
#
#  avec - $nom_maillage     : nom du maillage (si il y en a un. sinon $nom_maillage sera egal a undef
#       - $nb_noeuds        : nombre de noeuds (entier)
#       - $ref_tab_noeuds   : reference vers un tableau de noeuds => $ref_tab_noeuds->[no noeud][0] : coordonnee x
#                                                                    $ref_tab_noeuds->[no noeud][1] : coordonnee y
#                                                                    $ref_tab_noeuds->[no noeud][2] : coordonnee z)
#       - $nb_elts          : nombre d elements (entier)
#       - $ref_tab_elements : reference vers une table de hashage => $ref_tab_elements->{no elt}{'TYPE'}      : type d element
#                                                                    @{$ref_tab_elements->{no elt}{'CONNEX'}} : (liste des noeuds)
#       - @ref_listes       : liste de references vers les tables de hashage contenant les listes de references de noeuds, aretes, faces et elements
#                             => $ref_listes[0] : reference vers la table de hashage des listes de noeuds  => @{$ref_listes[0]->{'nom liste'}} : (liste des noeuds)
#                                $ref_listes[1] : reference vers la table de hashage des listes d aretes   => @{$ref_listes[1]->{'nom liste'}} : (liste des aretes)
#                                $ref_listes[2] : reference vers la table de hashage des listes de faces   => @{$ref_listes[2]->{'nom liste'}} : (liste des faces)
#                                $ref_listes[3] : reference vers la table de hashage des listes d elements => @{$ref_listes[3]->{'nom liste'}} : (liste des elements)
#                                $ref_listes[4] : reference vers la table de hashage des listes de points d integration => @{$ref_listes[4]->{'nom liste'}} : (liste des points d integration)
#                                
sub lecture_mail_her {
  my $fher = shift;

  my $nom_maillage;

  #------------------------
  # lecture du maillage .her
  #------------------------
  #-lecture de noeuds
  my @tab_noeuds; my $nb_noeuds;
  my $no_noeud = 0;
  open(Fher, "<$fher");
  while(<Fher>) {
    if(/^\s*nom_maillage\s+(\S+)/) {$nom_maillage = $1; next;}
    next if(not /(\d+)\s+NOEUDS/);
    $nb_noeuds = $1;
    last;
  }
  while(<Fher>) {
    last if($no_noeud == $nb_noeuds);
    next if(not /^\s*(\d+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s*$/);
    $no_noeud = $1;
    @{$tab_noeuds[$no_noeud]} = ($2,$3,$4);
  }

  #-lecture des elements
  my %tab_elements; my $nb_elts;
  my $no_elt = 0;
  while(<Fher>) {
    next if(not /(\d+)\s+ELEMENTS/);
    $nb_elts = $1;
    last;
  }
  while(<Fher>) {
    last if($no_elt == $nb_elts);
    next if(not /^\s*\d+\s+\w+\s+\w+/);
    s/^\s+//;s/\s+$//;
    $_ =~ /^(\d+)\s+/;
    $no_elt = $1; s/^(\d+)\s+//;
    $_ =~ /\s+(\d+(?:\s+\d+)*)$/;
    @{$tab_elements{$no_elt}{'CONNEX'}} = split(/\s+/, $1); s/\s+(\d+(?:\s+\d+)*)$//;
    $tab_elements{$no_elt}{'TYPE'} = $_; $tab_elements{$no_elt}{'TYPE'} =~ s/\s+/ /g;
  }
  close(Fher);


  #------------------------
  # lecture des references (dans le .her et dans un eventuel .lis)
  #------------------------
  my $flis = $fher; $flis =~ s/.her$/.lis/;
  my $nom_liste;
  my $is_liste_en_cours;
  my %listes_NOEUDS;
  my %listes_ARETES;
  my %listes_FACES;
  my %listes_ELEMENTS;
  my %listes_PTI;

  #-dans le .her
  open(Fher, "<$fher");
  $is_liste_en_cours = 0;
  while(<Fher>) {
    chomp;
    if(/^\s*(N\S+)/) {
      $nom_liste = $1;
      $is_liste_en_cours = 1;
      s/^\s*N\S+\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_NOEUDS{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
    elsif(/^\s*noeuds/i or /^\s*elements/i or /^\s*[AFEG]/) {
      $is_liste_en_cours = 0;
    }
    elsif($is_liste_en_cours and /^\s*\d+(\s+\d+)*\s*$/i) {
      s/^\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_NOEUDS{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
  }
  close(Fher);

  open(Fher, "<$fher");
  $is_liste_en_cours = 0;
  while(<Fher>) {
    chomp;
    if(/^\s*(A\S+)/) {
      $nom_liste = $1;
      $is_liste_en_cours = 1;
      s/^\s*A\S+\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_ARETES{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
    elsif(/^\s*noeuds/i or /^\s*elements/i or /^\s*[NFEG]/) {
      $is_liste_en_cours = 0;
    }
    elsif($is_liste_en_cours and /^\s*\d+(\s+\d+)*\s*$/i) {
      s/^\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_ARETES{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
  }
  close(Fher);

  open(Fher, "<$fher");
  $is_liste_en_cours = 0;
  while(<Fher>) {
    chomp;
    if(/^\s*(F\S+)/) {
      $nom_liste = $1;
      $is_liste_en_cours = 1;
      s/^\s*F\S+\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_FACES{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
    elsif(/^\s*noeuds/i or /^\s*elements/i or /^\s*[NAEG]/) {
      $is_liste_en_cours = 0;
    }
    elsif($is_liste_en_cours and /^\s*\d+(\s+\d+)*\s*$/i) {
      s/^\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_FACES{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
  }
  close(Fher);

  open(Fher, "<$fher");
  $is_liste_en_cours = 0;
  while(<Fher>) {
    chomp;
    if(/^\s*(E\S+)/) {
      $nom_liste = $1;
      $is_liste_en_cours = 1;
      s/^\s*E\S+\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_ELEMENTS{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
    elsif(/^\s*noeuds/i or /^\s*elements/i or /^\s*[NAFG]/) {
      $is_liste_en_cours = 0;
    }
    elsif($is_liste_en_cours and /^\s*\d+(\s+\d+)*\s*$/i) {
      s/^\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_ELEMENTS{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
  }
  close(Fher);

  open(Fher, "<$fher");
  $is_liste_en_cours = 0;
  while(<Fher>) {
    chomp;
    if(/^\s*(G\S+)/) {
      $nom_liste = $1;
      $is_liste_en_cours = 1;
      s/^\s*G\S+\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_PTI{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
    elsif(/^\s*noeuds/i or /^\s*elements/i or /^\s*[NAFE]/) {
      $is_liste_en_cours = 0;
    }
    elsif($is_liste_en_cours and /^\s*\d+(\s+\d+)*\s*$/i) {
      s/^\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_PTI{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
  }
  close(Fher);


  #dans le .lis (si il existe)
  if(-e $flis) {

  open(Flis, "<$flis");
  $is_liste_en_cours = 0;
  while(<Flis>) {
    chomp;
    if(/^\s*(N\S+)/) {
      $nom_liste = $1;
      $is_liste_en_cours = 1;
      s/^\s*N\S+\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_NOEUDS{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
    elsif(/^\s*noeuds/i or /^\s*elements/i or /^\s*[AFEG]/) {
      $is_liste_en_cours = 0;
    }
    elsif($is_liste_en_cours and /^\s*\d+(\s+\d+)*\s*$/i) {
      s/^\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_NOEUDS{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
  }
  close(Flis);

  open(Flis, "<$flis");
  $is_liste_en_cours = 0;
  while(<Flis>) {
    chomp;
    if(/^\s*(A\S+)/) {
      $nom_liste = $1;
      $is_liste_en_cours = 1;
      s/^\s*A\S+\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_ARETES{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
    elsif(/^\s*noeuds/i or /^\s*elements/i or /^\s*[NFEG]/) {
      $is_liste_en_cours = 0;
    }
    elsif($is_liste_en_cours and /^\s*\d+(\s+\d+)*\s*$/i) {
      s/^\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_ARETES{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
  }
  close(Flis);

  open(Flis, "<$flis");
  $is_liste_en_cours = 0;
  while(<Flis>) {
    chomp;
    if(/^\s*(F\S+)/) {
      $nom_liste = $1;
      $is_liste_en_cours = 1;
      s/^\s*F\S+\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_FACES{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
    elsif(/^\s*noeuds/i or /^\s*elements/i or /^\s*[NAEG]/) {
      $is_liste_en_cours = 0;
    }
    elsif($is_liste_en_cours and /^\s*\d+(\s+\d+)*\s*$/i) {
      s/^\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_FACES{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
  }
  close(Flis);

  open(Flis, "<$flis");
  $is_liste_en_cours = 0;
  while(<Flis>) {
    chomp;
    if(/^\s*(E\S+)/) {
      $nom_liste = $1;
      $is_liste_en_cours = 1;
      s/^\s*E\S+\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_ELEMENTS{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
    elsif(/^\s*noeuds/i or /^\s*elements/i or /^\s*[NAFG]/) {
      $is_liste_en_cours = 0;
    }
    elsif($is_liste_en_cours and /^\s*\d+(\s+\d+)*\s*$/i) {
      s/^\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_ELEMENTS{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
  }
  close(Flis);

  open(Flis, "<$flis");
  $is_liste_en_cours = 0;
  while(<Flis>) {
    chomp;
    if(/^\s*(G\S+)/) {
      $nom_liste = $1;
      $is_liste_en_cours = 1;
      s/^\s*G\S+\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_PTI{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
    elsif(/^\s*noeuds/i or /^\s*elements/i or /^\s*[NAFE]/) {
      $is_liste_en_cours = 0;
    }
    elsif($is_liste_en_cours and /^\s*\d+(\s+\d+)*\s*$/i) {
      s/^\s+//; s/\s+$//;
      push(@{$listes_PTI{$nom_liste}},split(/\s+/,$_));
    }
  }
  close(Flis);

  }#if(-e $flis)

  #AFFICHAGE DES LISTES DE NOEUDS
  #foreach my $nom (keys(%listes_NOEUDS)) {
  #  print "$nom : @{$listes_NOEUDS{$nom}}\n";
  #}
  #AFFICHAGE DES LISTES D ARETES
  #foreach my $nom (keys(%listes_ARETES)) {
  #  print "$nom : @{$listes_ARETES{$nom}}\n";
  #}
  #AFFICHAGE DES LISTES DE FACES
  #foreach my $nom (keys(%listes_FACES)) {
  #  print "$nom : @{$listes_FACES{$nom}}\n";
  #}
  #AFFICHAGE DES LISTES D ELEMENTS
  #foreach my $nom (keys(%listes_ELEMENTS)) {
  #  print "$nom : @{$listes_ELEMENTS{$nom}}\n";
  #}
  #AFFICHAGE DES LISTES DE POINTS D INTEGRATION
  #foreach my $nom (keys(%listes_PTI)) {
  #  print "$nom : @{$listes_PTI{$nom}}\n";
  #}

  return($nom_maillage, $nb_noeuds, \@tab_noeuds, $nb_elts, \%tab_elements,
         \%listes_NOEUDS, \%listes_ARETES,
         \%listes_FACES, \%listes_ELEMENTS, \%listes_PTI);
}#sub lecture_mail_her


#MODIF J. Troufflard
#----------------
#sub pour ecrire une liste de noeuds et elements (on indique un handle de fichier deja ouvert)
sub ecrire_liste_N_E {
  my $handle = shift;
  my $nom_liste = shift;
  my @liste_no = @_;

  my $cpt; my $cpt_max = 15; my $nb_blancs;

  $nb_blancs = ""; $nb_blancs .= " " for(1 .. length($nom_liste));
  $_ = shift(@liste_no);
  print $handle "$nom_liste $_";
  $cpt = 1;
  foreach my $no (@liste_no) {
    $cpt++;
    if($cpt == 1) {print $handle "$nb_blancs $no";}
    elsif($cpt == $cpt_max) {print $handle " $no\n"; $cpt = 0;}
    else {print $handle " $no";}
  }
  print $handle "\n" if($cpt != $cpt_max);
}#sub ecrire_liste_noeuds


#MODIF J. Troufflard
#----------------
#sub pour ecrire une liste d aretes et faces (on indique un handle de fichier deja ouvert)
sub ecrire_liste_A_F {
  my $handle = shift;
  my $nom_liste = shift;
  my @liste_no = @_;

  my $cpt; my $cpt_max = 30; my $nb_blancs;

  $nb_blancs = ""; $nb_blancs .= " " for(1 .. length($nom_liste));
  $_ = shift(@liste_no);
  print $handle "$nom_liste $_";
  $cpt = 1;
  foreach my $no (@liste_no) {
    $cpt++;
    if($cpt == 1) {print $handle "$nb_blancs $no";}
    elsif($cpt == $cpt_max) {print $handle " $no\n"; $cpt = 0;}
    else {print $handle " $no";}
  }
  print $handle "\n" if($cpt != $cpt_max);
}#sub ecrire_liste_A_F
